9月11日，附属第二医院感染病学科沈伟副研究员与欧洲生物信息研究所Zamin Iqbal教授共同研发出新型序列比对软件LexicMap，该软件能在百万规模原核（细菌与古菌）基因组中，对基因、质粒、长读长测序数据进行准确、快速、低内存的碱基水平序列比对，研究人员可在单机环境下，对全球所有已测序拼接的微生物基因组实现准确而快速的序列比对，为流行病学、生态学、进化生物学等领域的研究提供有力支持。该研究成果近日发表在国际权威期刊《自然·生物技术》上，题目为“Efficient sequence alignment against millions of prokaryotic genomes with LexicMap”。

BLAST是自20世纪90年代沿用至今的经典序列比对软件。然而，即便依托云计算的强大计算资源，其能够比对的细菌基因组比例仍在逐年呈指数级下降，已难以满足多样化的生物医学研究需求。超大规模微生物序列比对效率是多年来困扰感染病学科与微生物学科发展的技术瓶颈之一。基于此，沈伟团队研发了全新序列比对软件LexicMap，与现有方法相比，在保持相当准确性的同时，速度更快、内存占用更低、具有更高的可扩展性。